1. هیدرولازها: این دسته از آنزیم‌ها مسئول شکستن پیوندهای شیمیایی با استفاده از مولکول آب هستند. آن‌ها در واکنش‌های هیدرولیز نقش دارند که شامل تجزیه ترکیبات بزرگتر مانند پروتئین‌ها، لیپیدها و کربوهیدرات‌ها به ترکیبات کوچکتر است. به عنوان مثال، پروتئازها که پیوندهای پپتیدی پروتئین‌ها را می‌شکنند و لیپازها که پیوندهای استری در چربی‌ها را هیدرولیز می‌کنند، در این گروه قرار دارند.

2. لیگازها: این آنزیم‌ها باعث ایجاد پیوندهای جدید بین مولکول‌ها می‌شوند و اغلب به انرژی ATP نیاز دارند. لیگازها معمولاً دو مولکول کوچک را به یکدیگر متصل می‌کنند. یکی از مثال‌های مهم این گروه DNA لیگاز است که در فرآیند ترمیم DNA و ایجاد پیوندهای فسفودی‌استری بین قطعات DNA نقش دارد.

3. ترانسفرازها: این آنزیم‌ها مسئول انتقال گروه‌های شیمیایی (مانند گروه فسفات، متیل، آمین و غیره) از یک مولکول به مولکول دیگر هستند. کینازها نوعی از ترانسفرازها هستند که گروه فسفات را از ATP به دیگر مولکول‌ها منتقل می‌کنند. ترانسفرازها در بسیاری از مسیرهای متابولیک نقش کلیدی ایفا می‌کنند.

4. اکسیدوردوکتازها: این دسته از آنزیم‌ها در واکنش‌های اکسیداسیون و احیا دخیل هستند و باعث انتقال الکترون‌ها بین مولکول‌ها می‌شوند. این واکنش‌ها در بسیاری از فرآیندهای متابولیکی مانند تنفس سلولی و زنجیره انتقال الکترون نقش اساسی دارند. آنزیم‌هایی مانند دی‌هیدروژنازها و اکسیدازها از جمله اکسیدوردوکتازها هستند که در تولید انرژی سلولی اهمیت دارند.

این تقسیم‌بندی آنزیم‌ها براساس نوع واکنش‌های شیمیایی است که آن‌ها تسهیل می‌کنند و هر کدام در مسیرهای بیوشیمیایی مختلف بدن نقش حیاتی دارند.